En la década de 1980 hizo parte de los comisarios políticos de las FARC. Con la aparición de la Unión Patriótica, llegó a convertirse en uno de los emisarios principales del partido y su participación más activa se vio reflejada como concejal y luego diputado por el departamento del Caquetá.
Para el Departamento de Estado de Estados Unidos, el exguerrillero dirigía la estrategia de drogas del grupo ilegal y, en su momento, ofreció una recompensa de 5 millones de dólares por su captura.
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Iván Márquez hizo parte de la mesa de negociación en La Habana, Cuba, durante los cuatro años de diálogos entre el Gobierno y las FARC. Tras la firma del acuerdo de paz fue miembro de la comisión de seguimiento, impulso y verificación a la implementación del proceso.
Uno de los golpes al acuerdo de paz fue la captura de alias ‘Jesús Santrich’ por delitos de narcotráfico investigados por el Gobierno de Estados Unidos y en los que también fue involucrado Marlon Marín, sobrino de Iván Márquez.
Esta situación dio pie para que renunciara a la comisión y se trasladara al espacio territorial de capacitación y reincorporación (ETCR) de Miravalle, donde también se encontraba alias ‘el Paisa’.
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Desde allí, Iván Márquez y Hernán Darío Velásquez, alias ‘el Paisa’, manifestaron no tener intenciones de unirse a las disidencias de las FARC, pero poco después no se volvió a conocer sobre su paradero.
Iván Márquez no atendió varias citas en la Jurisdicción Especial para la Paz, por lo que el tribunal abrió un incidente de incumplimiento.
A finales de agosto de 2019, Iván Márquez, Jesús Santrich, ‘el Paisa’ y ‘Romaña’ anunciaron la creación de la Segunda Marquetalia con el argumento de seguir la "lucha guerrillera en respuesta a la traición del Estado al acuerdo de paz de La Habana". Todos huyeron hacia Venezuela.
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Sin embargo, se llevó la mayor sorpresa luego que ‘Duarte’ le negara ayuda y le advirtiera que solo podía ser el jefe de uno de sus grupos insurgentes en algunas zonas, pues había perdido poder e influencia al irse al proceso de paz.
En el 2020, Estados Unidos elevó la recompensa por Iván Márquez a 10 millones de dólares.
En mayo de 2021 presuntamente se produjo la
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Ahora, comenzando julio de 2022, se registró la presunta muerte de Iván Márquez, lo cual habría sucedido como retaliación por la baja de ‘Gentil Duarte’, quien al parecer falleció en mayo pasado.